Pravilnikom o unutrašnjoj organizaciji Kantonalne uprave civilne zaštite utvrđuje se:

• unutrašnja organizacija Uprave i to: organizacione jedinice i njihova nadležnost;
• sistematizacija radnih mjesta (ukupan broj državnih službenika i namještenika za obavljanje poslova, naziv i raspored poslova po organizacionim jedinicama, opis poslova za svakog državnog službenika i namještenika sa potrebnim uslovima u pogledu stručne spreme i drugih uslova za rad na određenim poslovima);
• rukovođenje Upravom i organizacionim jedinicama, ovlaštenja u rukovođenju i odgovornosti za obavljanje poslova;
• stručni kolegij i radna tijela Uprave;
• saradnja u vršenju poslova iz nadležnosti Uprave;
• programiranje i planiranje rada;
• način ostvarivanja prava i dužnosti iz radnih odnosa i disciplinska odgovornost državnih službenika i namještenika, broj pripravnika koji se primaju u radni odnos;
• ostvarivanje transparentnosti rada Uprave i druga pitanja od značaja za unutrašnju organizaciju i rad Uprave.

Za obavljanje poslova i zadataka iz nadležnosti Uprave, formiraju se slijedeće unutrašnje organizacione jedinice:

• Odsjek za mjere zaštite i spašavanja
• Odsjek za zaštitu od požara i vatrogastv
• Kantonalni operativni centar civilne zaštite
• Odsjeka za opće, pravne i materijalne poslove

Unutrašnja organizaciona jedinica Kantonalni operativni centar civilne zaštite se izjednačava sa Odsjekom.